João Lopes é Professor Associado do Departamento de Psicologia Aplicada da Escola de Psicologia da Universidade do Minho. Entre 1987 e 1995 foi professor na Escola Superior de Educação do Instituto Politécnico do Porto. É, desde 1995, professor na Universidade do Minho. Tem como áreas fundamentais de interesse, investigação e prestação de serviços à comunidade: Problemas de Aprendizagem, Problemas de Comportamento, Problemas de Ensino, Organização e Gestão de Sala de Aula, Ensino da Leitura e da Escrita, Indisciplina em Sala de Aula e Maus-Tratos na Infância e Adolescência.
 
Outras actividades e posições relevantes:

Abril 2015 -2018: Presidente do Conselho Científico-Pedagógico da Formação Contínua de Professores (CCPFCP). O CCPFCP é o organismo nacional que acredita a formação contínua de professores, incluindo mestrados e cursos universitários de pós-graduação.
   
2014 -2018: Membro do Conselho Geral do IAVE (Instituto de Avaliação Educacional), O IAVE é responsável pelo desenvolvimento dos exames nacionais para alunos da rede pública de ensino Português, do 4º ao 12º ano. O IAVE é também responsável pela adaptação das provas nacionais do PISA, TIMSS, TALIS, etc.

2015-2019: Director do Departamento de Psicologia Aplicada - Escola de Psicologia - Universidade do Minho

2014: Director do Programa de Doutoramento em Psicologia Aplicada para os países da CPLP. Escola de Psicologia da Universidade do Minho.

2015-2018: Representante de Portugal no CERI (Centro de Investigação em Educação e Inovação) - OCDE.